第三方某某对我进行5000元罚款，是否合法？

不合法。依据《劳动法》，工厂不能对劳动者进行罚款，只能依规章制度处罚。若罚款克扣工资，则工厂行为违法，可能导致劳动者权益受损。
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不合法。应对方式：1.向工厂提出质疑，要求说明罚款依据；2.若工厂无法提供依据，可拒绝支付罚款，并保留证据；3.向劳动行政部门投诉，维护自身权益；4.如需进一步维权，可咨询专业律师，采取法律手段。
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常见处理方式为投诉或协商。若认为罚款不合法，可向劳动行政部门投诉；也可先与工厂或人力资源公司协商，寻求合理解决方案。